Наиболее часто критика гомеопатии направлена не на принцип "лечение подобного подобным", а на методику изготовления препарата. Указывается на то что в конечном растворе концентрация первоначальных действующих веществ крайне мала или совсем не обнаружима. А если что то и оставалось, то при переносе на раствора на сахарные шарики пропало. Этот вопрос всегда был и остается трудным для ответа. Изначально гомеопатия была практической специальностью направленно на лечение больного. На данный момент существует огромное количество профессионально выполненных работ в разных областях науки, опубликованных как во многих всемирно известных журналах, например "Nature, When to believe the unbelievable", так и узкоспециализированных подтверждающих эффективность гомеопатии. Традиционные фармакологические испытания мало применимы для гомеопатии, а хорошие результаты лечения требуют очень высокой квалификации врача и правильного назначения препарата (т.к. в гомеопатии практикуется именно индивидуальный подход к больному, при котором людям с одинаковой клинической картиной могут назначать разные препараты). Это привело к тому, что многие критические работы с отрицательными результатами были выполнены с грубейшими нарушениями гомеопатических принципов при назначении препарата и лечении больного, а сами препараты производились без соблюдения правильных методик изготовления. При малой изученности механизма действия гомеопатии, слабом регулировании подготовки врачей-гомеопатов в России,  и соответственно низкой квалификацией врачей, возникло противоречивое отношение к ней, обусловлено скорее личным опытом и отрывочными сведениями, чем объективной действительностью. Не требуя больших затрат на производство и разработку, гомеопатические препараты являются крайне невыгодными для фармацевтических компаний, которые часто проводят изначально неправильно разработанные клинические исследования, для уменьшения объема гомеопатического лечения и ужесточения регуляций гомеопатии в стране.